Das Stadtmuseum Schongau wurde 1891 als eines der frühen Heimatmuseen in Bayern gegründet. Basis dieses ersten Museums waren die Bestände der Gesamtinnung des Bezirkes Schongau, die historischen Exponate der Stadt Schongau und private Schenkungen bzw. Leihgaben. Das Museum war damals im Ballenhaus am Marienplatz untergebracht. Nach einer kurzen Blütephase erlag der Museumsbetrieb bereits vor Ausbruch des Ersten Weltkriegs gänzlich. Die Exponate waren über viele Jahre eingelagert. Erst ab Mitte der 1920er Jahre konnte das Museum wieder neu belebt und die Ausstellung nach und nach erweitert werden, so dass im Ballenhaus ein ansehnliches Museum entstand. Unmittelbar nach dem Einmarsch der US-Amerikaner am Ende des Zweiten Weltkriegs wurde das Museum geplündert und in der Folgezeit komplett geschlossen. Erst Anfang der 1960er Jahre konnten die noch verbliebenen Exponate restauriert und durch zahlreiche Neuerwerbungen ergänzt werden. 1965 wurde das Museum, das zusammen mit der Stadtbücherei in einem Gebäude vor dem Münztor untergebracht war, neu eröffnet. Auch diese Museumsphase ging nach wenigen Jahren 1972 zu Ende, als die Räumlichkeiten des Stadtmuseums in Klassenzimmer umgewandelt wurden. In den 1980er Jahren begannen die Überlegungen, die ehemalige Spitalkirche St. Erasmus und das südlich angrenzende Anwesen in ein Stadtmuseum umzuwandeln. Bis zur Umsetzung dieses Vorhabens wurde ab 1981 im Turmvorbau der Heilig-Geist-Kirche ein kleines provisorisches Museum eingerichtet. Nachdem die Umbauarbeiten an der ehemaligen Erasmuskirche und dem Nachbarhaus durchgeführt waren, konnte 1989 der erste Abschnitt dieses Museums eröffnet werden. Mit der Ansiedlung des Museums am neuen Standort war auch die Umstellung von einem ehrenamtlichen Museumsbetrieb auf einen Betrieb durch professionelle städtische Dienstkräfte verbunden. 1991 war die zweite Ausbauphase des Museums beendet. In den Jahren von 1997 - 1999 wurde ein weiteres Nachbaranwesen als Depotgebäude umgebaut. In Folge der allgemeinen kommunalen Finanzprobleme im Jahr 2003 wurde das Stadtmuseum geschlossen und die hauptamtliche Museumsbetreuung wieder aufgegeben. Daraufhin übernahm der Historische Verein Schongau – Stadt und Land e. V. den ehrenamtlichen Betrieb des Museums und eröffnete dieses am 2. Mai 2004 neu.